La amniocentesis se practica a las 13 o 14 semanas de embarazo. Se propone sistemáticamente a las madres cuya edad es mayor o igual a los 35 años en el momento del parto, pero también se puede practicar a cualquier futura mamá que presente un riesgo.
Se indica una vez realizados unos análisis de sangre que permiten dosificar ciertas hormonas (alfafetoproteínas) hormona gonadotropina coriónica, o estriol cuya presencia en la sangre de la madre indica un riesgo de trisomía en el feto. También se practiva una ecografía, que permite precisar la supuesta trisomía.
La amniocentesis puede prescribirse más tarde, a lo largo del 3er trimestre, en caso de embarazo de riesgo (incompatibilidad de factor rh, por ejemplo) si hay riesgo de malformación digestiva o neurológica, o si se detectan problemas en el feto que necesiten de una intervención.